Vanhimmat kirjalliset merkinnät Saimaasta ovat vuodelta 1646: Saimas wesi ja Saimas selkä. Puhekielessäkin Saimas-muotoa on tavattu Nimiarkiston tietojen mukaan vielä 1950-luvulla Ruokolahdella, 1960-luvulla Lappeella, Taipalsaarella ja Savitaipaleella sekä 1990-luvulla Mäntyharjussa. Uusi perusmuoto Saimaa on todennäköisesti irronnut nimen taivutusmuodoista Saimaa-n, Saimaa-lla jne.
Kielentutkijoiden parissa Saimaata on yleensä pidetty nimenä, jota ei voida selittää suomen tai sen sukukielten pohjalta. Ennen suomen ja saamen kieliä nykyisen Suomen alueella on puhuttu yhtä tai useampaa muinaiskieltä. Muun muassa vesistöjen nimet Saimaa, Imatra, Päijänne ja Inari ovat ilmeisesti muistoja näistä kadonneista kielistä ja lainautuneet saamen kautta suomen kieleen.
Suomalaisessa paikannimikirjassa Sami Suviranta tosin esittää, että Saimaa-nimen taustalla voisi olla saamen kielen sana sápmi, josta tulee myös nykysuomen sana saame. Tällöin nimi olisi samansisältöinen kuin Suur-Saimaan toinen nimi, Lapvesi, jonka taustalla on luultavasti sana lappi tai lappalainen. Selitys ei kuitenkaan ole saanut varauksetonta kannatusta.